是的，巴拿马运河现在主权已经归属于巴拿马。但是历史上，巴拿马运河的历史可是一段相当混乱的历史。
最早想到要开凿这样一条大运河的其实是长期霸占中南美洲的西班牙。17世纪早期，西班牙殖民者就有点嫌弃绕道南美洲最南端前往亚洲大陆的航线太过遥远，想要挖一条运河。但是当时的技术条件决定了挖掘运河耗时良久而且无功而返。紧接着接盘的是法国人。当时法国刚刚在埃及完成了苏伊士运河的挖掘疏通工作，对挖掘运河似乎有了一些新的心得。于是当时负责苏伊士运河的工程师带着自己的团队又来到了巴拿马想再续前缘。结果，巴拿马不是沙漠地带，热带雨林里的蚊虫让工人死伤惨重，只能搁置。
紧接着上场的是美国人。对美国来说，一条巴拿马运河对它的东西海岸物资调度有很重大的意义，所以美国人早就想拿下这条运河了。当时负责工程继续运行的也是一个法国人，但是法国政府已经撤资，他空守着一个烂摊子也不行，只能去游说美国。虽然美国人觉得这个机会对自己很不错，但是具体实施起来还是有很多麻烦之处。
比如说，哥伦比亚政府就是一块绊脚石。当时的巴拿马还没有独立，是哥伦比亚共和国的一个省份。作为哥伦比亚中央政府，当然也希望自己能负责巴拿马运河的运营，这可是一笔肥买卖。即使自己没有这个财力做，从美国佬那里拉点赞助总还是可以的。实在不行，军队还可以杀到巴拿马去控制住运河，来个过河拆桥。
美国也不傻，当然一下子就看穿了哥伦比亚的小九九。当时的美国总统老罗斯福就是著名的“胡萝卜大棒”政策的倡导者，干脆想了个馊主意：叫巴拿马独立。从现在的巴拿马国旗上我们也能看出，巴拿马这个国家的存在受到了美国很大的影响，连国旗都长得特别像。正如后来冷战时期美苏双方互相政变先锋小国家的套路一样，美国扶植了巴拿马省内的反抗军，给了他们相当一笔钱组织政变。同时，美国军舰开到巴拿马，用火炮威胁登陆镇压的哥伦比亚军队。结果巴拿马就这样成功独立了。
1903年巴拿马独立之后当然少不了美国人的好处。美国在修建运河期间就沿着运河画出了一条运河区，算是美国永久租借的地区。此处不允许巴拿马人进入，也不插巴拿马国旗。这就造成了巴拿马国内局势的不稳定，人们冲击运河区的形势愈演愈烈。
终于，1964年发生了进步学生冲击运河区的流血事件，导致全国范围内的抗议。没有办法，美国终于在1977年答应归还巴拿马运河，并且在1999年履行了承诺。现在，巴拿马运河的主权已经归这个国家所有。
